ساتحدث في هذه السلسلة عن phylogenetic tree او الشجرة الجینیة كیف نعملها بالتفصیل؟ وماهي البرامج المتاحة لعملها؟ تابع معي السرد
عادة احد اسباب عملك لهذه الشجرة وجود تسلسل جیني جديد. بمعنى انك تكون عامل Sequence لحمض نووي سواء هذا التسلسل كامل او جزء منه فتقوم بعمل الشجرة الجينية. لمعرفة التسلسلات الاخرى القریبة منه في درجة
التشابه من التسلسل الجديد اللي ظهر معنا.
التشابه من التسلسل الجديد اللي ظهر معنا.
بمعنى نفترض ان لدينا "طفل"والذي سيكون هو التسلسل الجيني الجديد ووالدينه هم من نبحث عنهم. معرفة الوالدين سيساعد في معرفة الجد ومعرفة الجد سيساعد في معرفة العائلة وهكذا. في الكائنات الدقيقة نملك قاعدة بيانات مفتوحة للاحماض النووية تسهل عملية المقارنة وبالتالي عمل الشجرة الجينية.
الان كیف الطریقة ؟بدایة نحتاج لاب توب ونحتاج نحمل برنامج اسمه Mega اغلب الاوراق العلمیة تحصل مكتوب Mega7.
البرنامج مجاني وتستطيع تحميله بعد ماندخل الرابط نضغط على الایقونة الخضراء ونحمل البرنامج كما في الصورة.
الرابط
megasoftware.net
البرنامج مجاني وتستطيع تحميله بعد ماندخل الرابط نضغط على الایقونة الخضراء ونحمل البرنامج كما في الصورة.
الرابط
megasoftware.net
هل هذا هو البرنامج الوحيد الذي ممكن نستخدمه؟ الجواب: لا يوجد غيره وهنا قائمة باشهر ثمانية برامج ممكن استخدامها لعمل ذلك مع جدول مرفق يقارن بينهم:
١. Matlab
٢. MEGA
٣.PHYLIP
٤.Geneious
٥.PAUP
٦.MrBayes
٧. Hierarchical Clustering Explorer (HCE)
٨.Microarray sotware suite
١. Matlab
٢. MEGA
٣.PHYLIP
٤.Geneious
٥.PAUP
٦.MrBayes
٧. Hierarchical Clustering Explorer (HCE)
٨.Microarray sotware suite
بعد التحميل والتنصيب يصبح البرنامج جاهز للعمل.
الان بحتاج التتابعات/التسلسلات/Sequences اللي منه راح نعمل
الشجرة وهنا امامنا خياران:
الاول اني ابحث عن التسلسلات داخل البرنامج.
الثاني: ان اقوم بتجهيز التسلسلات في ملف مستقل وابدأ فيها.
الان بحتاج التتابعات/التسلسلات/Sequences اللي منه راح نعمل
الشجرة وهنا امامنا خياران:
الاول اني ابحث عن التسلسلات داخل البرنامج.
الثاني: ان اقوم بتجهيز التسلسلات في ملف مستقل وابدأ فيها.
الاثنان سيعطون نفس النتيجة. انا ساختار الخيار الثاني وهو اخذ التسلسلات من موقع طبعا انا ماعندي تسلسل جدید علشان ابني الشجرة علیه. لذلك باخذ تسلسل جاهز وابني شجرتي. هنا بختار S gene.الخاص بفايروس Covid19. سنذهب الى موقعنا المعتاد pubmed واكتب في خانة البحث covid19، واضغط search.
بتظهر معي النتايج كما في الصورة بتطلع معي هالصفحة وبشوف الجینات ظاهره معي، بضغط RefSeq genome
وسينقلني الى صفحة وابحث فيها عن الجين اللي بختاره وهو S، لما أضغط عليه بيحدد لي الجزء المطلوب، الان انزل تحت اخر شي بحصل مكتوب Fatsa أضغط عليها بينقلني الى صفحة اخرى وهنا احدد الجين كامل وانسخه كما في الصورة الصقه في مستند واحفظه.
اللي عملته هذا، من المفترض يكون جاهز او تسلسل جديد كيف؟ يعني المفترض مثلا عندي فايروس بعمل لحمض النووي تسلسل جيني ويجيني جاهز وابدأ من هذه الخطوة اللي الحين بعملها. ادخل نفس موقعنا لكن مكان Blast على هالرابط
الان بختار كما في الصورة nucleotide blast blast.ncbi.nlm.nih.gov
الان بختار كما في الصورة nucleotide blast blast.ncbi.nlm.nih.gov
الان في المستطيل قدامي خياري اما اني اضع التسلسل
كامل اللي اخترته اللي في شرحنا هو جين S، او اني اضع الرقم كيف اعرف الرقم ؟ شوف الصورة الدائرة هذا الرقم المقصود اللي هو 045512.2_NC هنا اخترت اني اضع الرقم، في ارقام على اليمين هذا موقع الجين 21563 الى 25384 ، الان بضغط Blast
كامل اللي اخترته اللي في شرحنا هو جين S، او اني اضع الرقم كيف اعرف الرقم ؟ شوف الصورة الدائرة هذا الرقم المقصود اللي هو 045512.2_NC هنا اخترت اني اضع الرقم، في ارقام على اليمين هذا موقع الجين 21563 الى 25384 ، الان بضغط Blast
بعد ماضغطنا على blast نقلني الى صفحة ثانیة وهنا اختار مثلا
خمس تسلسلات متشابهة مع التسلسل الاصلي اللي وضعته واقدر هنا احملها بملف مستند واحفظه واسمیه
Sequences كما في الصورة
خمس تسلسلات متشابهة مع التسلسل الاصلي اللي وضعته واقدر هنا احملها بملف مستند واحفظه واسمیه
Sequences كما في الصورة
الان بنتقل الى برنامج MEGA ولما یفتح معي بضغط على
ALIGN كما في الصورة بعدها
Edit/build alignment بعدها بتظهر معي شاشة صغیره اختار كما في الصورة بعدها اختار DNA بعدها الحین بحتاج الملفین اللي حفظتهم اضغط Edit بعدها بضغط insert sequence from file وبضيف الملفين كما في الصور
ALIGN كما في الصورة بعدها
Edit/build alignment بعدها بتظهر معي شاشة صغیره اختار كما في الصورة بعدها اختار DNA بعدها الحین بحتاج الملفین اللي حفظتهم اضغط Edit بعدها بضغط insert sequence from file وبضيف الملفين كما في الصور
الان ظهر معي كما في الصورة شكل التتابعات او التسلسلات فوق بعض الان اضغط alignment بعدها اضغط على Align by muscle بعدها بیسألني اذا احدد الكل اضغط اوكیه بعدها بحفظ الملف بصیغة fasta بعدها بعمل تصدیر للملف كما في الصور.
الان برجع للصفحة الرئیسیة للبرنامج وبضغط كما في الصورة، هنا ممكن نحفظ الصورة من image ونعدل على البیانات من الخیارات اللي بجانبها view. اذا نبي نغير الاسماء وغيرها، هذا شرح بسيط والا یوحد اشیاء تحتاج الى تفصیل مثل bootstrap وغيره، انتهى.
جاري تحميل الاقتراحات...