بتكلم في هذه السلسلة عن phylogenetic tree او الشجرة الجینیة كیف نعملها بالتفصیل؟ وماهي البرامج المتاحة لعملها ؟ عادة احد اسباب عملك لهذه الشجرة وجود تسلسل جیني جديد، بمعنى انك تكون عامل Sequence لحامض نووي، سواء هذا التسلسل كامل او لجزء منه(احدى جيناته)، فتقوم بعمل الشجرة
وذلك بوجود التسلسلات الاخرى القریبة منه في درجة التشابه من التسلسل اللي بنشتغل عليه یعني مثلا كأن عندك "ابن"هو التسلسل اللي انت عملته ووالدينه هم المتشابهين لكن اللي یفرق هنا في الكائنات الدقیقة انك مو دایم یكون معك التسلسل الجیني للابن ممكن تملك التسلسل الجيني للوالدين
وكذا راح يتشابه مع الابن، طبعا الفارق في الكائنات الدقيقة اننا نملك قاعدة بيانات للاحماض النووية كبيرة جدا تسهل عمل مقارنة او شجرة جينية، الان كیف الطریقة ؟بدایة نحتاج لاب توب ونحتاج نحمل برنامج اسمه Mega اغلب الاوراق
العلمیة تحصل مكتوب Mega7،البرنامج مجاني وتستطيع تحميله
العلمیة تحصل مكتوب Mega7،البرنامج مجاني وتستطيع تحميله
من الرابط:
megasoftware.net
بعد ماندخل الرابط نضغط على الایقونة الخضراء ونحمل البرنامج كما في الصورة، بعد التحميل والتنصيب يصبح البرنامج جاهز للعمل، الان بحتاج التتابعات/التسلسلات/Sequences اللي منه راح نعمل الشجرة وهنا قدامنا خیارین
megasoftware.net
بعد ماندخل الرابط نضغط على الایقونة الخضراء ونحمل البرنامج كما في الصورة، بعد التحميل والتنصيب يصبح البرنامج جاهز للعمل، الان بحتاج التتابعات/التسلسلات/Sequences اللي منه راح نعمل الشجرة وهنا قدامنا خیارین
الاولى اني ابحث عن التسلسلات داخل البرنامج الثانية اني اجهز التسلسلات في ملف مستقل وابدأ فيها، الاثنین نفس الشي انا بختار الثانيه ان ناخذ التسلسلات من موقع طبعا انا ماعندي تسلسل جدید علشان ابني الشجرة علیه بالتالي بااخذ تسلسل جاهز وابني شجرتي، هنا بختار gene S
(هذه الخطوة سبق شرحها في تسلسل المقارنة بين التتابعات) الخاص بفايروس كورونا الاخير، ادخل على موقعنا المعتاد، ncbi.nlm.nih.gov
واكتب في خانة البحث covid19، واضغط search، بتظهر معي النتايج كما في الصورة بتطلع معي هالصفحة وبشوف الجینات ظاهره معي، بضغط RefSeq genome
واكتب في خانة البحث covid19، واضغط search، بتظهر معي النتايج كما في الصورة بتطلع معي هالصفحة وبشوف الجینات ظاهره معي، بضغط RefSeq genome
وسينقلني الى صفحة وابحث فيها عن الجين اللي بختاره وهو S، لما أضغط عليه بيحدد لي الجزء المطلوب، الان انزل تحت اخر شي بحصل مكتوب Fatsa أضغط عليها بينقلني الى صفحة اخرى وهنا احدد الجين كامل وانسخه (كما في الصورة) الصقه في مستند واحفظه
اللي عملته هذا، من المفترض يكون جاهز او تسلسل جديد كيف؟ يعني المفترض مثلا عندي فايروس بعمل لحامضه النووي تسلسل جيني ويجيني جاهز وابدأ من الخطوة هذه اللي الحين بعملها، ادخل نفس موقعنا لكن مكان Blast على هالرابط
blast.ncbi.nlm.nih.gov
الان بختار كما في الصورة nucleotide blast
blast.ncbi.nlm.nih.gov
الان بختار كما في الصورة nucleotide blast
الان في المستطيل قدامي خياري اما اني اضع التسلسل كامل اللي اخترته اللي في شرحنا هو جين S، او اني اضع الرقم كيف اعرف الرقم ؟ شوف الصورة الدائرة هذا الرقم المقصود اللي هو NC_045512.2
هنا اخترت اني اضع الرقم،
في ارقام على اليمين هذا موقع الجين 21563 الى 25384 ، الان بضغط Blast
هنا اخترت اني اضع الرقم،
في ارقام على اليمين هذا موقع الجين 21563 الى 25384 ، الان بضغط Blast
بعد ماضغطت blast نقلني الى صفحة ثانیة وهنا اختار مثلا خمس تسلسلات متشابهة مع التسلسل الاصلي اللي وضعته واقدر هنا احملها بملف مستند واحفظه واسمیه Sequences كما في الصورة
الان بنتقل الى برنامج MEGA ولما یفتح معي بضغط على ALIGN
كما في الصورة بعدها Edit/build alignment بعدها بتظهر معي شاشة صغیره اختار كما في الصورة بعدها اختار DNA بعدها الحین بحتاج الملفین اللي حفظتهم اضغط Edit بعدها بضغط insert sequence from file وبضيف الملفين كما في الصور
كما في الصورة بعدها Edit/build alignment بعدها بتظهر معي شاشة صغیره اختار كما في الصورة بعدها اختار DNA بعدها الحین بحتاج الملفین اللي حفظتهم اضغط Edit بعدها بضغط insert sequence from file وبضيف الملفين كما في الصور
الان ظهر معي كما في الصورة شكل التتابعات او التسلسلات فوق بعض
الان اضغط alignment بعدها اضغط على Align by muscle بعدها بیسألني اذا احدد الكل اضغط اوكیه بعدها بحفظ الملف بصیغة fasta بعدها بعمل تصدیر للملف كما في الصور
الان اضغط alignment بعدها اضغط على Align by muscle بعدها بیسألني اذا احدد الكل اضغط اوكیه بعدها بحفظ الملف بصیغة fasta بعدها بعمل تصدیر للملف كما في الصور
الان برجع للصفحة الرئیسیة للبرنامج وبضغط كما في الصورة، هنا ممكن نحفظ الصورة من image ونعدل على البیانات من الخیارات اللي بجانبها view اذا نبي نغير الاسماء وغيرها، هذا شرح بسيط والا یوحد اشیاء تحتاج الى تفصیل bootstrap غيره، الصورة الاخیر النتیجة النهائية، شكراً لكم
جاري تحميل الاقتراحات...