من فائدة التسلسل الجیني او sequence genome اننا نعمل مقارنة بین (تتابعین /تسلسلي لحامضي نوويين ) او اكثر كما تكلمت في تغریدات سابقة الان بتكلم عن طریقة عمل المقارنة بین تتابعین او اكثر بالتفصیل والخیارات اللي ممكن اعملها بدایة في معلومة لازم تعرفها وهنا الحدیث عن الحامض النووي
اذا كانت نسبة التشابه اكثر من ٧٠٪ نقدر نستنتج ان الحامض النووي الجدید مأخوذ من الاول ، مثال لما نأخذ الحامض النووي سارس ١ ونضع تحته الحامض النووي لـ فايروس كوفيد١٩ بیظهر معي التشابه اكثر من ٧٠ ٪ ، طبعا فیه مواقع وبرامج كثیرة تقدم خدمة المقارنة بین التتابعات
ویسمى المقارنة بین اثنین Pairwise aligment واذا كانت اكثر من تتابعین تسمى multiple sequence نستطیع ببساطة عمل المقارنة اضع التتابع الاول ثم اضع الثاني تحته ثم الثالث..الخ كيف؟ عادةالمقارنة تكون خطوة ثانية ؟كيف كذا كأنك توهتنا يااخ مساعد ؟ ليه خطوة ثانيه ؟
اي انها تأتي بعد التسلسل الجيني لـ الجين قبل مااعمل مقارنة لازم يكون عندي جين عامل له تسلسل جيني sequence بعدها راح اعمل المقارنة عليه ولان ماعندي تسلسل جيني جديد بختار تسلسل جيني لفايروس معروف ومحفوظ في بنك الجينات ومثالنا بيكون عن جين S لفايروس كوفيد ١٩
الان بدخل هالموقع ncbi.nlm.nih.gov وبكتب في المستطيل الفارغ covid19 وبغير في المستطيل الثاني الى nucleotide وبضغط search بيطلع معي (كما في الصور) الحامض النووي كامل بختار RefSeq genome
وسينقلني الى صفحة وابحث فيها عن الجين اللي بختاره وهو S، لما اصغط عليه بيحدد لي الجزء المطلوب، الان انزل تحت اخر شي بحصل مكتوب Fatsa اصغط عليها وبينقلني الى صفحة اخرى وهنا احدد الجين كامل وانسخه (كما في الصورة) الصقه في مستند واحفظه
الان بنتقل الى هالموقع ebi.ac.uk
اضغط على Service (كما في الصور) هنا عندي خیارین ١/اني اضع تسلسل جيني وهو یبحث في قواعد البیانات الخاصة فیهم ویضع الاقرب في التشابه (Blast Nucleotide)
٢/اني اضع اكثر من تتابع اثنین او اكثر وتظهر لي مدى التشابه(Clustal Omega)
اضغط على Service (كما في الصور) هنا عندي خیارین ١/اني اضع تسلسل جيني وهو یبحث في قواعد البیانات الخاصة فیهم ویضع الاقرب في التشابه (Blast Nucleotide)
٢/اني اضع اكثر من تتابع اثنین او اكثر وتظهر لي مدى التشابه(Clustal Omega)
نبدأ برقم واحد Blast nucleotide بعد مااضغط عليه بيطلع مستطيل فاضي راح الصق التسلسل الجیني واضغط Submit، ننتظر النتایج، بتلاحظ مكتوب chose file هذا خيار انك ترفع الملف كمل هو كمستند نصي الان ظهرت معي النتایج نلاحظ في شي اسمه Source المصدر ،وبجنبه ID
و اذا ضغطت علیه بینقلني الى الجينوم المطابق، ایضا فیه نسبة التطابق او Identities وان كل مانزلنا تقل النسبة عن ١٠٠ وبنلاحظ ایضا تطابق جین S لفایروس كورونا الخفاش بنسبة ٩٢ ٪ مع جین S التابع لجينوم كوفيد١٩ ،الان ننتقل الى الطریقة الثانیة وهي اننا نضع اكثر من تتابع
اقلها اثنین ونرجع للصفحة (كما في الصورة) ونختار رقم ٢ Clustal Omega راح تفتح معي صفحة جديدة فيها مستطيل فاضي هنا الصق التتابعات اللي بقارن بينها وبيكون فيه مستطيل فوقه راح اغيره من protein الى DNA وراح اكمل بمثالي السابق وهو الجین S لفايروس كوفيد ١٩
التتابعات الاخرى احضرتها من موقع ncbi.nlm.nih.gov بعد ما استخرجت جين S ذهبت الى blast ثم nucleotide blast ثم ظهرت معي صفحة فيها مستطيل وضعت بها تتابع S ثم ضغطت على Blast وظهرت معي التتابعات وحددت اللي ابيه منها ثم اخترت Download كمستند نصي وتحملت معي
الان انسخ الجین الاول واحرص
ان یكون التنسیق مثل الصورة حیث یسبقها هذه العلامة < ولا يكون بينهم فراغات ويكون بعده مباشرة واكرر العملیة السابقة والصق الجین الثاني وهكذا اذا عندي اكثر من ذلك الان ظهرت معي النتایج ونلاحظ كیف یقارن كل قطعه من الجین مع بعضویوضح لي اماكن التشابه
ان یكون التنسیق مثل الصورة حیث یسبقها هذه العلامة < ولا يكون بينهم فراغات ويكون بعده مباشرة واكرر العملیة السابقة والصق الجین الثاني وهكذا اذا عندي اكثر من ذلك الان ظهرت معي النتایج ونلاحظ كیف یقارن كل قطعه من الجین مع بعضویوضح لي اماكن التشابه
شكر خاص للأخت@ohoudalshehri لانها كانت محتفظة بالشرح من حسابي القديم وزودتني بالصور والشرح 🌹
جاري تحميل الاقتراحات...