بتكلم في هذه السلسلة عن phylogenetic tree او الشجرة الجينية كيف نعملها بالتفصيل؟ وماهي البرامج المتاحة لعملها ؟ عادة احد اسباب عملك لهذه الشجرة وجود تسلسل جيني، بمعنى انك تكون عامل Sequenceلفايروس مثلا سواء هذا التسلسل كامل اي لكل الحامض النووي او لجزء منه، فتقوم بعمل الشجرة(١)
ذلك بوجود التسلسلات الاخرى القريبة منه في درجة التشابه(تشابه في الحامض النووي ) يعني مثلا كأن عندك اب هو التسلسل اللي انت عملته وابنائه هم المتشابهين مثلا لكن اللي يفرق هنا في التسلسلات للكائنات الدقيقة انك مو دايم يكون معك التسلسل الجيني للاب اي الاصل ممكن تملك التسلسل الجيني(٢)
للولد بالتالي راح تطابق مع الاب ، والسبب ؟ اننا نملك قاعدة بيانات لعدد كبير من الاحماض النووية للكائنات الدقيقة، الان كيف الطريقة ؟بداية نحتاج لاب توب ونحتاج نحمل برنامج اسمه Mega ( اغلب الاوراق العلمية تذكره تحصل مكتوب Mega7 )(٣)
هذا رابط البرنامج للتحميل والتنصيب megasoftware.net نضغط على الايقونة الخضراء ونحمل البرنامج، ونحتاج التتابعات او Sequences اللي منه راح نعمل الشجرة وهنا قدامنا خيارين اما اني ابحث عن التسلسلات داخل البرنامج او اني اجهز التسلسلات في ملف مستقل وابدأ اشتغل انا راح اختار(٤)
الثانية والاثنين نفس الشي ناخذ التسلسلات من موقع ncbi.nlm.nih.gov طبعا انا ماعندي تسلسل جديد علشان ابني الشجرة عليه بالتالي انا بااخذ تسلسل جاهز وابني شجرتي ، هنا انت بختار gene S للفايروس كورونا الاخير (٥)
وبعمل بحث بعدها بتطلع معي هالصفحة وبشوف الجينات ظاهره معي اختار Sوهنا لازم احمل التسلسل تبع الجين اللي بشتغل عليه بضغط downloadبعدها بختار ثاني خيار gene nucleotide sequence بيتحمل معي ملف مستند نصي اسميه S-geen احفظه وبعدها اضغط Blast هنا نقلني صفحة ثانية هنا ممكن اضغط Blast (٦)
في شي لازم نعرفه االلي على اليسار هذا NC_045512.2هذا الرقم مرجع الجينوم اللي نشتغل عليه وممكن نضع التسلسل كامل بدل الرقم واللي على اليمين هذا يمثل موقع الجين اللي بشتغل عليه اللي هو S فهو يبدأ من 21563وينتهي في 25384 على فرضية ان حجم الجينوم للفايروس ٣٠ الف نيكلوتيد(٧)
الان بعد ماضغطت blast نقلني الى صفحة ثانية وهنا اختار مثلا خمس تسلسلات متشابهة مع التسلسل الاصلي اللي وضعته واقدر هنا احمل بملف مستند واحفظه واسميه Sequences كما في الصورة(٨)
الان بنتقل الى برنامج MEGA ولما يفتح معي بضغط على ALIGN كما في الصورة بعدها Edit/build alignment بعدها بتظهرمعي شاشة صغيره اختار كما الصورة بعدها اختار اللي بشتغل عليه سواء DNA or Protein بعدها الحين بحتاج الملفين اللي حفظتهم اضغط Editبعدها insert sequence from file (٩)
الان ظهر معي كما في الصورة شكل التتابعات او التسلسلات فوق بعض الان اضغط alignment بعدها اضغط على Align by muscle بعدها بيسألني اذا احدد الكل اضغط اوكيه بعدها بحفظ الملف بصيغة fasta بعدها بعمل تصدير للملف كما في الصورة(١٠)
الان برجع للصفحة الرئيسية للبرنامج وبضغط كما في الصورة، هنا ممكن نحفظ الصورة من image ونعدل على البيانات من الخيارات اللي بجانبها وهذا تعليم مبسط والا يوحد اشياء تحتاج الى تفصيل كالفارق بين كل جين وجين وbootstrap وغيرها، الصورة الاخير النتيجة النهائيةوشكرا (١١)
الشرح اللي طلبتيه
@wafewawa
@wafewawa
جاري تحميل الاقتراحات...